植物组织培养是20世纪初以植物生理学为基础发展起来的一门新兴技术，这项技术已在科研和生产中得到广泛应用。在组织培养中污染经常发生又难以控制。造成污染的原因多种多样,如外植体的种类，取材的季节、时间、预处理方法,消毒药剂的种类、浓度，消毒时间,消毒方法,培养基和器皿灭菌、操作人员、工作环境、超净工作台的工作质量等都与污染密切相关、导致污染成因的复杂性。总结来看可以分为三个方面如下：
1、组织培养室（无菌操作室）
植物组织培养实验室主要包括准备室、无菌操作室（接种室）和培养室。植物组织培养是一种要求做到无菌操作和无菌培养的技术，组织培养室与无菌操作间在使用前必须要经过彻底消毒，污染源主要是空气中的细菌及真菌孢子，常用的消毒方法为：先用70%酒精喷雾使微生物沉降，在接种前后要用酒精或新洁尔灭溶液擦拭超净工作台，然后用紫外灯照射20-60min净化空气，然后再用消毒酒精或新洁尔灭消毒溶液擦拭超净工作台。使用完之后及时打扫卫生和消毒。组织培养室也要经常用酒精喷雾和新洁尔灭溶液擦拭地面和门窗，每周用高锰酸钾和甲醛熏蒸一次。
2、外植体自身带菌
在组织培养中，无菌外植体的选取是组培成功的基础，很多植物茎叶自身表面会滋生大量微生物，不能被一般的消毒剂清除，因此必须选择合适的外植体并进行消毒和无菌操作。外植体的选择原则：a、组织培养的外植体选取目前已经涵盖了植物体的各个部位，其中植物胚不易被污染且具有分生细胞是常用的外植体，以及茎尖可先做预培养然后取其嫩植做为外植体，污染率可大大降低。b、在无菌条件下对枝条进行暗培养，待枝抽出新枝作为外植体也可明显减少污染。C、避免阴雨天在户外采取外植体，晴天时，下午经过日晒后比上午清晨的外置体染菌要少。外植体的灭菌方法有表面灭菌和深灭菌，表面方法具体操作为，先用自来水冲洗，用软毛刷刷去尘土，用吸纸吸干，进行灭菌溶液浸泡用无菌水冲洗，再用表面消毒剂浸泡。对于种子类种皮较厚的，需要进行深灭菌，必要时需要用磁力搅拌器/超声设备等方法使消毒液进入外植体。
3、培养过程中的灭菌
a、培养基的灭菌通常采用高压蒸汽灭菌
b、培养器皿的灭菌可采用烘箱干热灭菌或高压蒸汽灭菌，干热灭菌可置于150℃下40min，然后将温度降到120℃2h，高压灭菌器可将温度在121℃20-30min。
c、操作金属工具，可以用酒精棉球擦拭，并在火焰上灼烧，然后冷却备用；或用高压蒸汽灭菌器灭菌冷却后备用。在使用前还需在无菌条件下用消毒酒精消毒，再在酒精灯上灼烧后使用。
d、一些特殊激素及活性物质灭菌，通常不耐高温，例如培养液或植物生长调节剂，抗生素等，一般可采用灭菌过滤器滤过除菌或用乙醚处理干燥物质，再在低温下去除乙醚。