微生物肥料是生物活性肥料，施用方法比化肥、有机肥严格，有特定的施用要求，使用时要注意施用条件，严格按照产品使用说明书操作，否则难以获得良好的施用效果。施用时应注意以下几点：
1. 微生物肥料对土壤条件要求比较严格，施入到土壤后，需要一个适应、生长、供养、繁殖的过程，一般15天后可以发挥作用，见到效果，而且长期均衡地供给作物营养。
2. 微生物肥料适宜施用的时间是清晨和傍晚或无雨阴天，这样可以避免阳光中的紫外线将微生物杀死。
3. 微生物肥料应避免高温干旱条件下使用。施用微生物肥料时要注意温、湿度的变化，在高温干旱条件下，微生物生存和繁殖会受到影响，不能充分发挥其作用。要结合盖土浇水等措施，避免微生物肥料受阳光直射或因水分不足而难以发挥作用。
4. 微生物肥料不能长期泡在水中，在水田里施用应干湿灌溉，促进生物菌活动。以好气性微生物为主的产品，则尽量不要用在水田。严重干旱的土壤会影响微生物的生长繁殖，微生物肥料适合的土壤含水量为50%-70%。
5. 微生物肥料可以单独施用，也可以与其他肥料混合施用。但微生物肥料应避免与未腐熟的农家肥混用。与未腐熟的有机肥混用，会因高温杀死微生物，影响肥效。同时也要注意避免与过酸过碱的肥料混合使用。
6. 微生物肥料应避免与农药同时使用。化学农药都会不同程度地抑制微生物的生长和繁殖，甚至杀死微生物。不能用拌过杀虫剂、杀菌剂的工具装微生物肥料。微生物肥料不宜久放，拆包后要及时施用，一次用完，包装袋打开后，其他菌就可能侵入，使微生物菌群发生改变，影响其使用效果。
7. 避免盲目施用微生物肥料。微生物肥料主要是提供有益的微生物群落，而不是提供矿质营养养分，微生物肥料不可能完全代替化肥。任何一种类型的微生物肥料，都有其适用的土壤条件、作物种类、耕作方式、施用方法、施用量等，只有掌握了这些技术，才能取得最好的增产效果。
8. 注意微生物肥料效果的影响因素。微生物肥料肥效的发挥既受其自身因素的影响，如肥料中所含有效菌数、活性大小等质量因素；又受到外界其他因子的制约，如土壤水分、有机质、pH值等影响，因此微生物肥料从选择到应用都应注意合理性。