电泳槽是凝胶电泳系统的核心部分。
根据电泳的原理，凝胶都是放在两个缓冲腔之间，电场通过凝胶连接两个缓冲腔。缓冲液和凝胶之问的接触可以是直接的液体接触，也可以间接通过凝胶条或滤纸条。
管状凝胶电泳和垂直板状电泳大多采取直接液体接触方式。这种方式可以有效地使用电场，但在装置设计上有一些困难，如液体泄漏，电安全和操作麻烦等问题。
水平板状电泳槽大多通过间接方式，用滤纸桥搭接以及最近使用缓冲液制作的凝胶条和滤纸条搭接，即半干技术，后种方式使装置简化，操作也大大方便。
电泳槽大体上分为3类。
圆盘电泳槽：有上，下两个电泳槽和带有铂金电极的盖。上槽中具有若干孔，孔不用时，用硅橡皮塞塞住.要用的孔配以可插电泳管（玻璃管）的硅橡皮塞。电泳管的内径早期为5～7mm，为保证冷却和微量化，现在则越来越细。
垂直板电泳槽：垂直板电泳槽的基本原理和结构与圆盘电泳槽基本相同。差别只在于制胶和电泳不在电泳管中，而是在两块垂直放置的平行玻璃板中间。
水平电泳槽：水平电泳槽的形状各异，但结构大致相同。一般包括电泳槽基座，冷却板和电极。