微生物实验室要不同于一般的实验室工程或净化工程。主要应用于微生物学、生物医学、生物化学、动物实验、基因工程以及生物制品等研究使用的实验室统称为生物安全实验室，一般由主体实验室和辅助功能实验室组成。生物安全实验室必须保证人身安全、环境安全、废弃物安全和样本安全，能长期而安全的运行，同时还为需要实验室工作人员提供一个舒适，而良好的工作环境。
一、 微生物实验室设计
微生物实验室由准备室、灭菌室、无菌室、限度室、阳性对照室、恒温培养室和观察室组成。也根据具体实验需求配有样品室、洗涤室、血清学室、鉴定分析室及废物处理室等。这些房间的共同特点是地板和墙壁的质地光滑坚硬，仪器和设备的陈设简洁，便于打扫卫生。
二、 微生物实验室基本构架
1、 准备室（前处理室）
主要用于配制培养基和样品处理等。
配套设施：冰箱、电炉、药品柜/试剂柜、存放器具或材料的专柜、加热搅拌器、离心机等。
2、 洗涤室
准备室主要用于洗刷器皿等。
配套设施：加热器、蒸锅、洗刷器皿的器具、器具柜等。
3、灭菌室
主要用于培养基的灭菌和各种器具器材的灭菌。
配套设施：高压蒸汽灭菌器、烘箱等灭菌设施。
4、无菌室（接种室）
主要用于系统接种、纯化菌种等无菌操作的专用实验室。
基本建设：无菌室应设有内外两间，内间是无菌室外间室缓冲室。房间容积不宜过大，以便于空气灭菌。最小内间面积2*2.5，外间面积1*2，高以2.5m2以下为宜。
配套设施：高温灭菌炉、超声波清洗器、高压水气枪、快速灭菌炉、生物安全柜
5、阳性对照室
主要用于做阳性对照实验的接种、检测方法及培养基或其他试剂的适用性验证。
配套设施：生物安全柜、集菌仪/限度仪、过滤器、混合器
6、培养室
应设有内外两间，內间为培养室、外室为缓冲室。房间容积不宜过大，以利于空气灭菌，内室面积在3.2*4.4左右，外室在3.2*1.8左右，为满足微生物对温度的需求，需安装恒温恒湿机，内外室均应在中央安装紫外线灯。
配套设施：培养架、摇床、各类培养箱
7、观察室
主要用于对微生物的观察、计数和生理生化的测定。
根据实验需求普通实验室配制不同，一般均配备实验台、显微镜、试剂柜