水产品检测实验室主要承担水产品质量检验检测、水产养殖区域的水质监测、及各类水产品、渔业水质、水生动植物的检验检测，可开展氨氮、硝酸盐、总磷、总氮、砷、汞、铅等水质理化常规及重金属检测，孔雀石绿、氯霉素、喹诺酮类、磺胺类、五氯酚钠等水产品药残及农残检测。
水产品检测实验室仪器配置，包括：
酶标仪、生化培养箱、氮吹仪、水浴锅、马弗炉、显微镜、微量移液器、超声波清洗器、超纯水器、高压灭菌锅、桑普水博士系列、超净工作台、鼓风干燥箱、离心机、分光光度计、石蜡切片机、荧光显微镜、冰箱、二氧化碳培养箱、数显振荡培养箱、采水器、恒温水浴锅、粉碎机、均质机、干燥器、电子天平、凯氏定氮仪、脂肪测定仪、农药残留快速测定仪、PH计、盐度计、菌落计数器、马弗炉、坩埚、电炉等。
除了以上仪器设备外，还会用到：液相色谱质谱联用仪、气相色谱仪、液相色谱仪、原子吸收光谱仪、原子荧光光度计、微孔板检测仪、紫外分光光度计、微波消解仪等检测仪器设备。
以下对主要仪器及功能做一下简单介绍：
1、液相色谱质谱联用仪
液相色谱质谱联用仪以液相色谱作为分离系统，质谱为检测系统。样品在质谱部分和流动相分离，被离子化后，经质谱的质量分析器将离子碎片按质量数分开，经检测器得到质谱图。具有高选择性、高灵敏度的优点。主要用于抗生素、多环芳烃、多氯联苯、酚类化合物、农药残留等检测，在药物分析、食品分析和环境分析等许多领域得到了广泛的应用。
2、液相色谱仪
液相色谱仪主要由进样系统、输液系统、分离系统、检测系统和数据处理系统等组成。对高沸点、难气化合物的混合物通过色谱柱和淋洗剂并以实现分离。具有高分辨率、高灵敏度、速度快、色谱柱可反复利用，流出组分易收集等优点，因而被广泛应用到生物化学、食品分析、环境分析、无机分析等各种领域。
3、气相色谱仪
气相色谱仪，将分析样品在进样口中气化后，由载气带入色谱柱，通过对欲检测混合物中组分有不同保留性能的色谱柱，使各组分分离，依次导入检测器，以得到各组分的检测信号。气相色谱法具有分析速度快和分离效率高的分离分析方法。采用高灵敏选择性检测器，使得它又具有分析灵敏度高、应用范围广等优点，主要用于农药残留、环境分析检测。
4、原子吸收光谱仪
原子吸收光谱仪可测定多种元素，火焰原子吸收光谱法可测到10-9g/mL数量级，石墨炉原子吸收法可测到10-13g/mL数量级。其氢化物发生器可对8种挥发性元素汞、砷、铅、硒、锡、碲、锑、锗等进行微痕量测定。
5、原子荧光光度计
原子荧光光度计利用惰性气体氩气作载气，将气态氢化物和过量氢气与载气混合后，导入加热的原子化装置，氢气和氩气在特制火焰装置中燃烧加热，氢化物受热以后迅速分解，被测元素离解为基态原子蒸气，其基态原子的量比单纯加热砷、锑、铋、锡、硒、碲、铅、锗等元素生成的基态原子高几个数量级。
6、电子天平
精密电子天平主要用于日常测试的试剂及样品称量、适用于利用天平进行密度测定、差重称量、动态称量、滤纸称量、质量比较；高分辨率称量、移液器校准核查、实验室中的精密及分析称量、统计过程和质量控制、间隔称量等。
7、超纯水仪
超纯水仪可用于生产超纯水，满足于实验室基本应用，如缓冲液和试剂的配制、微生物培养及制备、组织学、溶出试验（带UV检测）和玻璃器皿的润洗的II级水。也可生产适用于HPLC, LC-MS, MALDI-ToF-MS, IC, ICP, AA等大多数分析应用的超纯水。
8、紫外-可见分光光度计
紫外-可见分光光度计是各种涉及水和废水分析领域的通用仪器，在水体的监测分析和综合评价，包括水相（溶液本身）、固相（悬浮物、底质）、生物相（水生生物）等方面有着广泛的用途。在农产品和食品分析中可用于检测的组分或成分有蛋白质、赖氨酸、葡萄糖、维生素C、硝酸盐、亚硝酸盐、砷、汞等;在植物生化分析中可用于检测叶绿素、全氮和酶的活力等；在饲料分析中可用于检测烟酸、棉酚、磷化氢和甲酯等。
9、酶标仪及自动洗板机
酶标仪是一种用途广泛的生物检验医疗设备，利用酶联免疫分析法,根据酶标记原理，根据呈色物的有、无和呈色深浅进行定性或定量分析。这是一种极具生命力的免疫学技术。可用于单克隆抗体筛分、凝血分、抗生素灵敏度检验，以及其它需要进行比色的分析工作中。
10、微波消解仪
微波消解仪具备精确化学反应过程控制的微波加速反应系统,控制, 显示和操作系统一体化集成, 具有可靠的整机防腐设计, 节省空间, 同时仪器一机多能, 可用于分析化学的样品消解, 萃取, 蛋白水解, 浓缩, 干燥,等各种微波化学应用。