病理科主要通过制病理切片完成免疫组化实验来诊断疾病。用来制作病理切片的组织样有括宫颈、痰、胸腹水及尿液等。病理切片有石蜡切片和冰冻切片两种，常见的是石蜡切片。
1 取材、固定：获取的组织样本经离心等处理后加入固定液，病理切片最常使用的固定液为10%福尔马林（4%甲醛）或10%磷酸缓冲福尔马林。固定液的用量一般为样本的20倍左右。
2洗涤、脱水、透明：固定后的组织材料需除去留在组织内的固定液及其结晶沉淀，否则会影响后期的染色效果。因此先用自动脱水机或乙醇对样本进行脱水。纯酒精不能与石蜡相溶，还需用能与酒精和石蜡相溶的媒浸液，替换出组织内的酒精，这种媒浸液称为透明剂。常见的透明剂有有二甲苯、苯、氯仿、正丁醇等。
3浸蜡与包埋：把样本放入盛有石蜡液的石蜡包埋机中进行包埋，在包埋机中经冷却制成固体样本。
4切片：包埋好的蜡块用刀片修成规整的四棱台，以少许热蜡液将其底部迅速贴附于小木块上，夹在石蜡切片机的蜡块钳内，使蜡块切面与切片刀刃平行，进行石蜡切片。
5贴片与烤片：在洁净的载玻片上涂抹薄层蛋白甘油，再将一定长度蜡带（连续切片）或用刀片断开成单个蜡片于温水（45℃左右）中展平后，捞至玻片上铺正，烘干或晾干。
6切片脱蜡与水化：干燥后的切片需脱蜡及水化才能在水溶性染液中进行染色。用二甲苯脱蜡，再逐级经纯酒精及梯度酒精直至蒸馏水。如果染料配制于酒精中，则将切片移至与酒精近似浓度时，即可染色。
7抗原修复：由于之前的化学试剂对抗原进行了封闭，热作用使抗原肽链扭曲会导致免疫组化染色不能显示，因此进项抗原修复。把玻片放在柠檬酸缓冲液（95-99℃）10分钟，冷却后放在EDTA溶液（95-99℃）15分钟，然后直接放在10 mM TE/1 mM EDTA溶液中（95-99℃）18分钟，最后用胃蛋白酶37℃消化30分钟。
8染色、观察：加入抗体后4℃孵育过夜，染色。染色成功后用蒸馏水进行冲洗，脱水后盖上盖玻片放在显微镜下观察。
国家卫计委规定县级医院病理室必备设备：快速冰冻切片机、病理石蜡切片机、自动组织包埋机、自动组织脱水处理机、免疫组化仪、光学显微镜。
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