菌种是进行微生物学研究和应用的基本材料，是发展生物工程的重要基础条件之一，是国家的重要生物资源。
菌种保藏的基本原理是在挑选优良纯培养物并使其处于休眠状态基础上，人为地创造一个有利于休眠的环境，使其长期保存后仍能保持菌种原有的优良特性。
菌种保藏的基本措施是低温、真空、干燥。常用保藏方法：定期移植法、液体石蜡法、真空冷冻干燥法、-80℃低温冻结法、液氮超低温冻结法。
一、定期移植法
亦称传代培养保藏法，指将菌种接种于适宜的斜面培养基上，最适条件下培养，待得到健壮的菌体后，于4～6℃进行保存并间隔一定时间（3-6个月）进行移植培养的一种短期菌种保藏方法。
（1）操作步骤：
斜面制备 → 接种 → 培养 → 保藏
（2）方法特点：
☆操作简单，使用方便；
☆对设备和人员要求不高；
☆可随时使用，便于观察菌种；
☆工作劳动强度大，属短期保藏，保藏成本高；
☆菌种传代频繁，易退化、污染。
二、液体石蜡法
亦称矿物油保藏法，定期移植保藏法的辅助方法。指将菌种接种在适宜的斜面培养基上，最适条件下培养至待得到健壮的菌体后注入灭菌的液体石蜡，使其覆盖整个斜面，再直立放置于低温（4～6℃）干燥处进行保存的一种菌种保藏方法。
（1）操作步骤：
液体石蜡预处理 → 斜面培养物制备 → 灌注石蜡 → 保藏
（2）方法特点：
☆操作简单，使用比较方便；
☆对设备要求不高，对人员操作水平有一定要求；
☆工作劳动强度大，保藏成本较高；
☆菌种易退化、污染。
三、真空冷冻干燥法
指将保藏的菌种细胞或孢子悬浮于保护剂中，经预冻后在真空条件下使水分升华，再经真空封存后保存的一种长期菌种保存方法。
（1）操作步骤：
安瓿管的准备 → 保护剂的准备 → 冻干样品制备 → 预冻 → 真空干燥 → 熔封 → 真空度检测 → 保藏
（2）方法特点：
☆保藏、运输方便；
☆保藏时间长（5~10年）；
☆对设备要求高（真空冷冻干燥机、多歧管），对人员操作水平要求高；
☆冷冻干燥过程对菌体有损伤，需恢复培养。
四、-80℃冰箱冻结法
将菌种悬浮于保护剂中，在-80℃冰箱中冻结保存的一种长期菌种保藏方法。
（1）操作步骤：
准备冷冻管 → 准备保护剂（10％~15％甘油） → 准备菌悬液（细胞、孢子或芽孢悬液） → 制备冷冻管（取菌悬液和保护剂至冷冻管） → 保藏（ -80℃，2~5年）
（2）方法特点：
☆使用比较方便 ；
☆保藏时间较长 ；
☆对设备要求高（ -80℃冰箱）；
☆运输不方便。
五、液氮超低温冻结法
指悬浮于保护剂中的菌种经程控降温后，移置于－196℃的液氮或－150℃左右的液氮气相中保存的一种长期菌种保藏方法。
（1）操作步骤：
冷冻管准备 → 保护剂准备 → 保藏培养物准备 → 预冻 → 保藏
（2）方法特点：
☆保藏时间长；
☆保藏效果好，菌种不易退化；
☆对设备要求高（程控降温仪、液氮罐），对人员操作水平要求高；
☆保藏成本高。
不同保藏方法的比较
保藏方法 | 保藏原理 | 保藏时间 | 保藏设备 | 菌种活性 | 保藏成本 | 操作性 |
定期移植法 | 低温(4℃) | 3～6 月 | 冰箱 | 易退化 | 高 | 简单 |
液体石蜡法 | 低温(4℃)、阻断氧气 | 1～2 年 | 冰箱 | 退化 | 较高 | 比较简单 |
真空冷冻干燥法 | 干燥、低温、无氧、保护剂 | 8～10 年 | "－80℃冰箱、真空冷冻干燥机、封管设备 | 退化 | 低 | 复杂 |
－80℃冰箱冻结法 | 低温(－80℃)、保护剂 | 2～5 年 | －80℃冰箱 | 退化 | 较低 | 复杂 |
液氮超低温冻结法 | 超低温(－150℃或－196℃)、保护剂 | 无限期 | 程控降温仪、液氮运输罐及液氮罐 | 不易退化 | 高 | 复杂 |