一、核酸检测实验室应划分为五个独立的工作区。五个工作区应按照从清洁、半污染到污染的顺序排列。各区内的试剂和耗材不能再进入任何“上游”区域。
（1）试剂配置和贮存区：本区的功能是实验相关试剂（如核算提取液、乙醇等）的配置和贮存（包括商业化的试剂，如PCR反应缓冲液、Taq聚合酶和dNTPs等）。用于PCR扩增的试剂建议分装后保存。
（2）样品制备区：本区的功能为待检样品的保存、核酸的提取、贮存等。进行RNA检测的实验室，在此区域内应辟出专门的RNA操作区，或安装一台Ⅱ级生物安全柜或外排风式的排风橱来替代。
（3）PCR反应配制区：本区的功能为配制、分装PCR主反应混合液以及加入核酸模板。对于使用巢式PCR进行检测的实验室，建议在此区安装一台Ⅱ级生物安全柜或外排风式的排风橱，，第一轮的扩增产物添加至第二轮的主反应混合液的操作可在此区进行。
（4）扩增区：核酸扩增。加了DNA或RNA等模板的反应管应盖好管盖后才拿到本区。
（5）扩增产物分析区：本区的功能为扩增片段的测定。本区是最主要的扩增产物污染来源，应注意避免通过本区的物品将扩增产物带出。对于使用定量PCR进行检测的实验室，此产物分析区可以省略。
二、以上各区域拥有明确的标记。进入各工作区域应尽量按单一方向进行，即试剂配制和贮存区、样品制备区、PCR反应配制区、扩增区和扩增产物分析区。
三、每个工作区域内都应有专项使用的设备，包括加样设备，如移液器、吸头等。适当时，可以用颜色或其他方式对不同区域内的实验用品加以区分，并避免不同工作区域内的设备和实验用品混用。
四、适宜时，实验室内可配置便携式紫外消毒装置，用于各工作区域内的实验表面、台面、地面等的紫外消毒。
五、定期对扩增产物分析用1mol/L的盐酸擦拭台面，以防扩增产物的污染。用过的电泳凝胶和电泳缓冲液要集中处理。