在进行外源性ＤＮＡ残留量测定时，可根据供试品具体情况选择下列任何一种方法进行测定。
第一法：ＤＮＡ探针杂交法
供试品中的外源性ＤＮＡ经变性为单链后吸附于固相膜上，在一定条件下可与相匹配的单链ＤＮＡ复性而重新结合为双链ＤＮＡ，称为杂交。将特异性单链ＤＮＡ探针标记后，与吸附在固相膜上的供试品单链ＤＮＡ杂交，并使用与标记物相应的显示系统显示杂交结果，与已知含量阳性ＤＮＡ对照比对后，可测定供试品中外源性ＤＮＡ残留量。
【试剂准备】
【标准品制备】用于探针标记和阳性对照的DNA，由生产供试品用的传代细胞、工程菌或杂交瘤细胞提取纯化获得，其提纯和鉴定可参考《分子克隆实验指南》或《精编分子生物学实验指南》
将待提取的细胞基质混悬液的细胞浓度调整为每1ml约含107个细胞，如果为细菌，则将其浓度调整为1ml约含108个细胞。量取悬液1ml，离心，在沉淀中加裂解液400μl混匀，37℃作用12-24h后，加入饱和苯酚溶液450μl重复抽提1次，加入三氯甲烷450μl，剧烈振摇混匀，以每分钟10000r离心10min转移上层液体。加入PH5.2的3mol/l醋酸钠溶液40μl，充分混合再加入-20℃以下的污水乙醇1ml，充分混合，-20℃以下作用2小时，以15000r/min离心15min，用适量-20℃70%乙醇溶液洗涤沉淀1次，吹干后，加适量灭菌TE缓冲溶液溶解，RNase酶切，苯酚-三氯甲烷抽提，分子筛纯化DNA，即得。
用1%琼脂糖凝胶电泳法和分光光度法鉴定阳性对照品的DNA纯度：应无RNA和寡糖苷酸存在，A260/A280比值应在 1. 8?2. 0 之间（测定时将供试品稀释至A260为0.2-1.0） 。用于阳性对照和标记探针的DNA在使用前应进行酶切或超声处理，使其片段大小适合于DNA杂交和探针标记。阳性对照品的DNA浓度按下式计算：DNA浓度（μg/ml）=50*A260，阳性对照品可分装与适宜的小管中，-20℃以下保存，长期使用。
【测定方法】1、蛋白酶K预处理，按规定对供试品、阳性对照和阴性对照进行加样，混合后于37℃保温4小时，保证酶切完全。
2、点膜 将预处理的供试品、阳性对照、阴性对照与空白对照于100℃水浴加热10min，迅速冰浴冷却后8000转离心5s，用抽滤加样器点样于杂交膜，晾干后可采用紫外交联法或置80℃真空干烤1h以上
3、杂交显色 阳性对照应显色，阴性对照、空白对照不显色、或显色深度小于阳性DNA对照，供试品与阳性对照对比，显色深度判断外源性DNA的含量。
第二法 荧光染色法
应用双链DNA荧光染料与双链DNA特异结合形成复合物，在波长480mn激 发下产生超强荧光信号，可用荧光酶标仪在波长520nm处进行检测在一定的D NA浓度范围内以及在该荧光染料过量的情况下，荧光强度与DNA浓度成正 比，根据供试品的荧光强度，计算供试品中的DNA残留量。
DNA标准品溶液制备 用TE缓冲液将DNA标准品配成0ng/ml、1.25ng/ml、2.5ng/ml、5.0ng/ml、10ng/ml、20ng/ml、40ng/ml、80ng/ml的标准品溶液。
测定法 精密量取DNA标准品和供试品溶液各400μl于1.5ml离心管中，分别加入新配置的双链DNA荧光染料400μl，混匀后，避光5min，取250μl于96孔酶标板上，并做3个复孔。用荧光酶标仪在激发波长480nm、发射波长520处测定荧光强度。以TE缓冲液测得的荧光强度为本底，测定和记录各测定空的荧光值，求得回归方程，将供试品溶液的荧光强度带入求值。
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