菌种的保藏常采用干燥、低温和隔绝空气等措施，将其新陈代谢限制在最低范围内，使其生命活动处于半永久性的休眠状态，使菌种能够存活、不污染杂菌、不发生或较少发生变异，保存菌种原有的各种生物学性状。
较常用的菌种保藏法有斜面或半固体传代保藏法，以及冷冻真空干燥法和液氮超低温保藏法等。其它尚有载体保藏法和悬液保藏法等。
1. 斜面或半固体传代保藏法
此法保藏菌种常用的培养基有普通肉汤琼脂斜面、血清斜面、血琼脂斜面、鸡蛋斜面和血清肉汤半固体培养基等等。在斜面或半固体培养基表面，往往加入灭菌液体石蜡，用以隔绝空气。此外，厌氧菌的传代保藏则常采用疮肉基。
2. 冷冻真空干燥法
将加入一定保护剂（如无菌脱脂牛奶）的菌种悬液冷冻，然后在冻结状态下经过真空干燥，使菌种处于半永久性的休眠状态，从而达到长久保藏的目的。一般可保藏数年甚至数十年之久。该法需要特殊的低温干燥设备 。
3. 液氮超低温保藏法
将保藏的菌种分散在保护剂中（如甘油、二甲亚枫、蔗糖和吐温80等），或将平板上生长良好的培养物打块，原封不动地置于保护剂中，预冻后保藏在液氮超低温（-196℃）中。该法是目前较理想的菌种保藏方法，可较长期保藏菌种。