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肉与肉制品，粮食、果蔬，水产品，乳与乳制品，饮料，调味品，酒类等各类食品中微生物的检测项目不同，其主要微生物检测项目如下：
样品检测
项目
肉与肉制品
粮谷、果蔬
水产品
蛋与蛋制品
乳与乳制品
冷冻饮品、饮料
调味品
冷食菜、豆制品
糖果、糕点、蜜饯
酒类
罐头食品
菌落总数
√
大肠菌群
沙门氏菌
志贺氏菌
金葡
酵母、霉菌计数
罐头食品商业无菌
副溶血性弧菌
乳酸菌检验
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