酶标仪在食品相关实验室的应用主要有以下几个方面：
（1）粮油检测
不管是淀粉厂、面粉厂、粮油企业，还是粮食收购站、粮食储备库、粮食局、粮库等，都离不开酶标仪！在这些行业中，酶标仪主要承担的任务是进行真菌毒素的检测，最常检测真菌毒素是黄曲霉毒素B1和呕吐毒素。
真菌毒素的检测按实验流程为：称量、加提取液、振荡混匀、离心或过滤，然后加样、洗板、孵育、加底物、加终止液，最后由酶标仪读数，计算结果。根据实验流程，酶标仪配套的设备有天平、旋涡混合器、离心机、移液器、电热恒温培养箱以及真菌毒素试剂盒。
（2）肉制品检测
肉制品检测行业包括养殖厂、屠宰场、肉制品深加工企业等，酶标仪在这些行业的作用主要是检测瘦肉精（盐酸盐酸克伦特罗、莱克多巴胺、沙丁胺醇等）、抗生素等兽药残留。有些客户会把他叫做兽药残留检测仪。
（3）乳品检测：
酶标仪在乳品行业中主要是检测乳品中的黄曲霉毒素M1。另外，还可以检测乳品中的违法添加剂—三聚氰胺。
（4）水产品检测：
酶标仪在水产检测方面主要应用是检测氯霉素、孔雀石绿等抗生素。
除食品行业外，酶标仪在饲料、畜牧和医疗行业也发挥着极为重要的作用。在饲料行业，酶标仪主要是测各种真菌毒素；在畜牧行业（畜牧局、畜牧推广站、畜牧兽医局等），主要是做动物疾病的检测，如猪口蹄疫、猪蓝耳病、猪伪狂犬病、猪瘟等；在医疗上，酶标仪更是应用甚广，是各级医院检验科的免疫室、HIV初筛实验室必备的设备，用于乙肝、梅毒、艾滋病等病毒类疾病以及优生优育、肿瘤标记物的检测。